世界辣椒联盟总部位于意大利罗马，其执行委员会位于中国重庆（中华人民共和国）。

国际层面

世界辣椒联盟由其最高领导机构——执行委员会——总体协调。执行委员会是负责联盟战略与发展总体规划的，由秘书长和办公室经理协同率领。秘书长和办公室经理任期五年，可连选连任，由执行委员会任命。

还有两个机构：全球委员会与会员大会。

全球理事会是世界辣椒联盟的咨询机构，由执行委员会选举的一批人组成。在其成员中，理事会成员包括国家代表和每个类别成员(辣椒大师、辣椒生产者、辣椒厨师和辣椒爱好者)，他们是在世界辣椒联盟在其各个地区的发言人。

国家层面

国家办事处根据执行委员会的指导方针，享有自己的自主权，根据情况在某些国家设立，目的是协调和支持各种“辣椒社区”开展的活动。 

社区层面

“辣椒社区” 是由世界辣椒联盟正式承认的辣椒利益相关者小组，他们在世界各地举办与辣椒相关的活动。